独立行政法人酒類総合研究所は国税庁と連携し、事故米を使用して製造された可能性がある酒類などの残留農薬（メタミドホス、アセタミプリド）およびカビ毒（アフラトキシンＢ１）の分析を行い、結果を発表した。
（１）事故米を使用して製造された可能性がある酒類＝任意で提供を受けた７社の焼酎21点および清酒５点、合計26点の分析を行ったところ、25点については残留農薬およびカビ毒のいずれについても、不検出。うち、美少年酒造の１点の清酒は定量限界以下（極めて微量な混入は認められるが、基準値を大幅に下回るため○○ｐｐｍとは濃度表示ができないもの）で、基準値を大幅に下回ることを確認した。
（２）事故米を使用して製造された可能性がある酒類以外の酒類＝依頼があった６社の焼酎57点の分析を行ったところ、残留農薬およびカビ毒のいずれについても不検出であることを確認した。
残留農薬およびカビ毒の基準値については以下のとおり。
▽米の残留農薬＝メタミドホス…０・01ｐｐｍ、アセタミプリド…０・01ｐｐｍ▽カビ毒＝すべての食品から検出されてはならない。